Как философское учение йога во многом связана с учением санкхья, принимая её теорию познания и онтологию. В этом смысле йогу можно рассматривать как практическое применение теории санкхьи в повседневной жизни. Йога разделяет теорию познания санкхьи, признавая три источника познания: восприятие чувственных впечатлений, вывод (умозаключение) и шрути (свидетельства священного писания). Йога признает и метафизику санкхьи с её двадцатью пятью началами основными элементами мироздания (таттва).
Однако философия санкхьи не имеет отношения к существованию Бога, в ней отсутствует понятие Бога. Философия санкхьи касается только возникновения Вселенной, порядка эволюции. Йога отличается от санкхьи тем, что признает Бога (Ишвару), который представляет из себя Пурушу, достигшего абсолютную независимость от Пракрити, и настолько вошёл в гармоничное состояние, что обладает всей полнотой знания, всей властью над собой и миром. В связи с вышеизложенным философию санкхьи часто называют «нир-Ишвара санкхья», что значит «санкхья без Бога». Но она очень тесно соединена с системой йоги, что последняя получила название «сешвара санкхья» или «санкхья с Богом».
Философия йоги выделяет 2 основополагающие две первопричины реальности, заключающие в себе всё бытие: Пурушу и Пракрити. Пуруша - духовная субстанция, Пракрити - материальная субстанция.
Пракрити (первичную материю) можно соотнести с понятием «материя», но, если сказать более точно, это материальная сила, порождающая весь материальный мир в его многообразии. Пракрити не имеет причины, источника происхождения, но сама она является источником всего, кроме Пуруши. Пракрити олицетворяет собой всё материальное, что нас окружает в мире, всё, что можно видеть, слышать, осязать, чувствовать. Пракрити - это все что мы можем воспринимать органами чувств, начиная от атомов, заканчивая планетами и галактиками. Пракрити - это вся Вселенная, все физические и энергетические поля.
Пуруша обладает тремя свойствами. Первое свойство - способность к познанию. Второе - жизнь, или прана; оно преобразуется в деятельность. Третье свойство это неизменность, основа вечности; из него вытекает воля. Тот факт, что Пуруша обладает свойством неизменности, говорит о том, что он вечен, ибо отсутствие перемен есть признак вечности. Таким образом, Пуруша вечен, никогда не
меняется, пассивен. Именно он обладает сознанием, составляющим его сущность, в отличии от материи, которая бессознательна.
Пуруша в философии йоги не есть Бог в привычном человека понимании. Бог или "Ивара" является проявлением Пуруши, но он не творит мир (Вселенную) и не управляет им. Вместе с тем Ишвара наделён важным качеством - соединять Пурушу и Пракрити.
Согласно философии йоги конечная реальность проявляется в двух ипостасях: как Пракрити и Пуруша. Пракрити представляет собой первичную субстанцию мироздания и является бессознательным источником существующего мира. Она независима, активна и состоит из трёх гун (качеств): саттва (реальность, озарение) является основой разума, радость и удовольствие; раджас (страсть) является основой энергии, отвечает за движение, активность, возбуждение, страдание; тамас (негативная сила, порождающая невежество) является основой инерции, характеризуется пассивностью и безразличием. Пока духовное начало не влияет на материю, все 3 гуны Пракрити (материи) находятся в равновесии и неподвижности. Материя существует в непроявленном состоянии, называется «джада», то есть «не сознающая», «мёртвая».
При приближении к материи Пуруши всё меняется, в материи происходит перемена. Материя оживает. Под влиянием Пуруши происходит изменение в равновесии трёх гун. Они начинают взаимодействовать, создавая множество комбинаций, формируя мир различных объектов.
Первый продукт взаимодействия гун - Махат, «Великое единство», «Буддхи». Это тонкая субстанция, основа будущей Вселенной. В человеке это субстанция умственных процессов, интеллект, признающий различие объекта и субъекта. Из Махата возникает второй продукт эволюции аханкара (делающее «Я»), или принцип индивидуальности. Далее выделяются пять органов восприятия, пять органов действия. Манас (ум как орган познания и действия) соприкасается с чувствами, преобразует неопределённое чувственное восприятие в определённое. Появляются 5 тонких элементов (танматр) тонкие свойства грубых элементов (поля чувств). Из танматр возникают 5 первоэлементов: эфир, воздух, огонь, вода, земля.
Непрерывное взаимодействие гун обуславливает постоянный процесс изменений в материальном мире. Эти постоянные видоизменения дают нам ощущение времени. Важным моментом в философии классической йоги является нереальность времени. Время как таковое не существует, есть лишь момент изменения - сейчас. Изменения могут происходить только в каком-то пространстве, поэтому для объективного мира существует категория "пространства".
В отличии от Пракрити, Пуруша является неизменным, существует вне времени и пространства. Его сравнивают со зрителем, который наблюдает за разворачивающейся перед ним картиной изменения материи.